Verneområdestyret for Nordkvaløya-Rebbenesøya har forvaltningsansvaret for Nordkvaløya-Rebbenesøya landskapsvernområde, Ytre Karlsøy marine verneområde, Flatvær naturreservat, Måsvær naturreservat, Breivika naturreservat, Kvitvær naturreservat og Sørfugløya naturreservat.