Nasjonalparkstyret forvalter Ytre Hvaler nasjonalpark, Rauerfjorden marine verneområde og Teineholmen naturreservat
Ytre Hvaler nasjonalpark er opprettet for å bevare et egenartet, stort og relativt urørt naturområde med komplette økosystemer både i sjøen og på land. 96 % av det vernede arealet (totalt 354 kvadratkilometer) er sjøareal.
Landarealene utgjøres av de ytre delene av Hvalers fire "hovedøyer", deler av Herføl, dessuten Søsterøyene, Akerøya, Tisler, Heia og en rekke andre holmer og skjær.
Største dyp i nasjonalparken er 462 meter, mens høyeste punkt ligger 65 meter over havet, nord for Harestokken på Vesterøy. Gjennom Hvalerrenna går det sterke strømmer med havvann som inneholder næring som bl.a. koralldyr lever av.
Tidligere sjøfuglreservater på Søndre Søster, Akerøya, Møren og Heia er nå en del av nasjonalparken.
Rauerfjorden er et relativt uberørt åpent fjordområde i overgangssonen mellom det geologiske Oslo-feltet og grunnfjellsområdene i sørøstlige Norge. Det inneholder vakker skjærgårdsnatur som henger sammen med Ytre Hvaler nasjonalpark i sørøst. Området er uten større inngrep.
Teineholmen grenser til Rauerfjorden marine verneområde, og er en av de aller viktigste hekkeholmene for sjøfugl langs denne delen av Østfoldkysten. Dominerende hekkearter er fiskemåke og hettemåke, der tallene i enkelte år kan nå opp i over 100 par av hver art. Dessuten er makrellterne nå en meget fåtallig hekkefugl her. De tre artene har gått sterkt tilbake bl.a. i Oslofjorden.