Formålet med Lopphavet marine verneområde er å ta vare på i hovedsak eksponerte sjøområder, som omfatter både dype og grunne områder, samlet sett har en stor spennvidde i naturtyper og som er representative for denne delen av kysten, bl.a. israndavsetninger, store skjellsandforekomster, korallforekomster og korallrev på dypt vann, samt viktige næringssøkområder for lomvi, lunde, krykkje og kysttorsk. Det er en målsetting å beholde verneverdiene uten større grad av ytre påvirkning, og områdene skal kunne tjene som referanseområde for forskning og overvåking bl.a. for å kunne studere effekter av reketrål og havbruk. Verneformålet er knyttet til sjøbunnen, og til sjøoverflaten av hensyn til funksjonen som næringssøkområde for sjøfugl. I kartfestet referanseområde for regional vannkvalitet i kyststrømmen, vist som sone A2 i vernekartet, omfatter verneformålet i tillegg vannsøylen. Formålet omfatter også bevaring av det samiske naturgrunnlaget.